Jugend
Miyamoto Musashi wurde im Jahre 1584 in einem Dorf namens Miyamoto in der Provinz Mimasaka als Shinmen Musashi No Kami Fujiwara No Genshin (kurz Shinmen Musashi) geboren. Während seiner Jugendzeit trug er den Spitznamen Bennosuke. Sein Vater war der Samurai Hirata Munisai, der in erster Ehe mit Omasa verheiratet war, einer Frau aus dem Clan der Shinmen; ihm wurde erlaubt, den Clansnamen zu führen, so dass sich sein Name von Hirata Munisai in Shinmen Munisai änderte.
Musashi, der als Sohn eines Landsamurai geboren wurde, wurde schon in jungen Jahren eine ungestüme Wildheit nachgesagt. So soll er mit gerade zwölf Jahren seinen ersten Gegner, Arima Kihei, einen im Kampf mit Schwert und Speer geübten Samurai, wegen eines Wettkampfes erschlagen haben. Arima, der auf dem Dorfplatz selbstsicher sein Banner aufgepflanzt hatte, brüstete sich damit, jeden beliebigen Gegner zu besiegen. Der junge Musashi - der für sein Alter bereits sehr groß und kräftig war - warf den Mann zu Boden und schmetterte ihm anschließend einen Stock auf den Kopf.

„Kriegerwallfahrt“
Im Alter von etwa sechzehn Jahren verließ er seine Heimat, um sich auf „Kriegerwallfahrt” zu begeben – eine Reise, die ihn quer durch das alte Japan führte. Er nannte sich von jetzt an Musashi Miyamoto. Nachdem er an sechs Kriegen teilgenommen (u. a. in der berühmten Schlacht von Sekigahara), etliche Kämpfe ausgetragen, und angeblich 60 Duelle für sich entschieden hatte, legte er mit Ende 20 seine Schwerter nieder und widmete sich der Suche nach einer tieferen Bedeutung seiner Schwertkampfkunst. Unter anderem wendete er sich nun vermehrt der Religion zu, aus der er schon früher Kraft geschöpft hatte. So zog er durchs Land und suchte nach Weisheit.
In den meisten Erzählungen und Berichten über Musashi findet sein für die damalige Zeit unorthodoxer Kampfstil besondere Erwähnung: Im Gegensatz zu seinen Gegnern kämpfte Musashi häufig mit zwei Schwertern.
Seit der Sengoku-Zeit (1467–1568) war es üblich, dass Samurai (Bushi) zwei Schwerter in Form des Daishō-Paares (dt. groß-klein) trugen. Das Daisho bestand aus dem Langschwert Katana und dem Kurzschwert Wakizashi, welches zu rituellen Zwecken, für den Kampf in beengten Räumen, und als Ersatz für das Katana bei dessen Verlust diente. Der gleichzeitige Einsatz beider Waffen war zwar nicht unbekannt, traditionell üblich blieb jedoch die "1 1/2 - händige" Führung des Langschwertes. Bei der Ausführung eines Schwerthiebes wurde der Griff in der Regel mit beiden Händen umfasst. Musashi selbst schrieb über seinen Kampfstil:
„...sich der Wirksamkeit der beiden Schwerter bewusst zu werden? darum geht es in der Nito ryu… denn wahr ist, dass man alle Waffen, die man besitzt, gebrauchen sollte, statt sein Leben wegzuwerfen. Zu sterben, mit einer unbenutzten Waffe in seinem Gürtel, das wäre bedauerlich.“

Begründung des eigenen Kampfstils
Er lernte von den Samurai und Rōnin, die in sein Dorf kamen, und studierte viele Zweikämpfe. Er begründete seinen eigenen Kampfstil und nannte ihn Niten Ichiryū.
Zu Musashis ungestümen Charakter passt die Anekdote, dass er eines Tages in der Hauptstadt Kyōto in der Yoshioka-Schule erschien, um Genugtuung dafür zu fordern, dass einer der Yoshioka-Meister Seijuro Kempo besiegt hatte. Die Geschichte berichtet, dass Musashi aus diesem Kampf als Sieger hervorging. Des Weiteren besiegte er auf seinen Reisen den Kettensichel-Experten Shishido Baiken. Auch besiegte er einen der besten Samurai seiner Zeit Sasaki Kojiro mit einem Ersatzruder eines Bootes, das er zu einem Holzschwert schnitzte.

„Legende“ Musashi
Musashi war vor allem durch seine nahezu unbesiegbaren Kampftechniken bekannt geworden. Da er mit der Zeit immer mehr ein Dorn in den Augen der Fürsten war, wurden mehrere Samurai entsandt, welche ihn töten sollten. Musashi tötete jedoch alle gegnerischen Schwertkämpfer. Herrenlos, wie er war, muss er gemeinhin als Rōnin angesehen werden. Im Kampf nutzte er beide Schwerter des Daisho-Paares zum Angriff beziehungsweise zur Verteidigung. Dies gilt jedoch nur für Kämpfe mit mehreren Teilnehmern. In Duellen verwendete Musashi sowohl das Bokutō als auch das Katana, allerdings immer aus Holz, die er selbst schnitzte. Seinen ersten Zweikampf auf Leben und Tod bestritt er im Alter von 13 Jahren. Mit 28 Jahren hatte er mehr als 60 Kämpfe bestritten - darunter auch mit einigen der begabtesten Kampfkunstexperten (Schwertkämpfer, Stockkämpfer, Speerkämpfer u. a.) des Landes - und alle gewonnen. Seinen letzten Kampf focht er gegen den ihm ebenbürtigen Sasaki Kojirō aus. Nachdem Musashi das Schwert niedergelegt hatte, widmete er sich dem Aufbau einiger Schulen und Tempel. Er galt als ausgesprochen religiös, unter anderem erwähnt er den Wert der Religionen in seinem Buch "Buch der Fünf Ringe". Ob Musashi dem Shintoismus positiv gegenüber stand, bleibt offen. Über den Glauben sagte er: "Respektiert Buddha und die Götter, ohne euch auf ihren Beistand zu verlassen".

Musashi als Künstler und Handwerker
Später betätigte Musashi sich auch als Künstler und Handwerker. Seine Arbeiten werden in Japan als höchste Meisterwerke eingeschätzt. Er bemalte Wandschirme und war ein exzellenter Meister der Schreibkunst, er stellte Metallarbeiten her und begründete eine Schule der Stichblatthersteller (jap. Tsuba), die ihre Stücke nach ihm mit „Niten” signieren. Das allgemein als "Musashi-Tsuba" bekannte Stichblatt, mit zwei ineinander greifenden Ringen (verschiedentlich auch als verschlungene Seegurken beschrieben), ist ein eindrucksvolles Beispiel zeitgenössischen japanischen Designs. Schlichte, schnörkellose Schönheit und perfekte Funktion werden hier meisterhaft vereint.

Musashis Leben endete am 13. Juni 1645 in der Höhle Reigendō. Er hatte sich dorthin zurückgezogen, um sein Gorin no Shō zu schreiben, welches er einige Wochen vor seinem Tode seinem Schüler Terao Magonojo übergab. Das Gorin no Shō erreicht auch heute noch viele Leser in aller Welt.

Musashi Miyamoto bleibt vor allem durch seine blutige Lebensgeschichte in Erinnerung. Er wird aber auch als Kensei, ein Schwertheiliger, verehrt. Seine Lehren finden heutzutage ebenso wie z. B. Tsunetomos Hagakure als anerkannte Richtlinien und Weisheiten in allen Lebensbereichen Anwendung. Er unterrichtete mehrere Schüler, seine ersten Schüler heißen Jotaro und Sannosuke Iori.

Musashis Lebensgeschichte wurde in der Neuzeit und vor allem im Westen durch den von Yoshikawa Eiji geschriebenen Fortsetzungsroman Musashi bekannt. Yoshikawas Roman wurde später zur Grundlage der Manga-Reihe Vagabond, die 2002 mit dem Tezuka Cultural Award ausgezeichnet wurde. Auch für das Kino und Fernsehen wurde sein Leben verfilmt, so beispielsweise in der Kino-Trilogie "Samurai" mit Toshiro Mifune als Hauptdarsteller aus den Jahren 1954-1956.